Les Trois Mousquetaires: Milady revêt une dimension plus tragique que le premier opus Les Trois Mousquetaires: D'Artagnan, avec la thématique de l'amour davantage présente. Martin Bourboulon explique : "À la différence du volet précédent, le temps de l’exposition est passé. Il est ainsi possible d’aller explorer plus en profondeur chaque personnage et de comprendre ce qui les traverse.